Tolerancja religijna w Polsce miała długie tradycje. Zadecydowały o tym dwa dokumenty Kazimierza Wielkiego: z 1356 r. w którym to król zatwierdził zwyczaje, wolności i przywileje w dziedzinie kultu i spraw administracyjnych dla monofizyckich Ormian, i z 1341 r., w którym zagwarantował wyznawcom Kościoła prawosławnego poszanowanie ich obrządku i obyczajów. Tolerancją cieszyli się w Polsce również Żydzi, Tatarzy i Karaimi pochodzenia tureckiego. Dzięki takiej postawie króla Kazimierza Polska stała się pierwszym wielowyznaniowym państwem w Europie, gdzie dwór królewski był katolicki. Tolerancja nie obejmowała jednak herezji wyrosłych w dobie reformacji, a wysunięcie przez przychylną reformacji szlachtę hasła wolności wyznania stanowiło rozszerzenie wolności politycznej na sferę religii. W czasie bezkrólewia 1572-1573 na sejmie konwokacyjnym 28 stycznia 1573 r. (rok po rzezi hugenotów we Francji), podpisano akt konfederacji, zwanej warszawską, który deklarował zasadę pokoju religijnego między różniącymi się w wierze. Akt konfederacji został wprowadzony do konstytucji sejmowych jako prawo obowiązujące. Mimo pewnej ogólnikowości konfederacja warszawska dała prawne podstawy dla protestantyzmu polskiego i była pierwszym w Europie aktem szerokiej tolerancji nie naruszając przy tym prymatu Kościoła katolickiego w państwie. W 2003 r. tekst konfederacji warszawskiej został wpisany na listę UNESCO Pamięć Świata.
Konfederacja warszawska sprawiła, że XVI-wieczna Polska zyskała w Europie miano „azylu heretyków” i „państwa bez stosów”. W kraju znajdowali schronienie wyznawcy sekt protestanckich, uciekający przed wyrokami katolickich sądów duchownych i trybunałów inkwizycyjnych, a także ludzie nienależący do żadnego wyznania i nieuznający żadnej organizacji kościelnej. Słynna w całej Europie tolerancja religijna w Polsce była niewątpliwie dorobkiem demokracji szlacheckiej. Przyczyniła się też do rozwoju kultury w dobie renesansu.
Reformacja spowodowała zmiany w Kościele katolickim, których wynikiem był sobór w Trydencie obradujący z przerwami blisko 18 lat (1545-1563). Wprowadził on: jednolitą liturgię katolicką oraz na nowo sformułował zasady wiary katolickiej, a protestantów uznał za heretyków. Uchwały Soboru w Polsce przyjął w 1578 r. sejm piotrkowski. Nad ich wprowadzeniem w życie mieli czuwać sprowadzeni do Polski jezuici. Wśród pierwszych polskich jezuitów był Piotr Skarga, autor słynnych kazań sejmowych przenikniętych miłością do Ojczyzny. Pod koniec XVI w. król Zygmunt III Waza (1587-1632) poparł ideę unii Kościoła wschodniego z Kościołem rzymskokatolickim. Na synodzie prawosławnym w Brześciu w 1596 r. podpisano akt unii, mocą którego Kościół obrządku wschodniego, zwany odtąd greckokatolickim, zachowywał swoje obrzędy, w tym liturgię w języku słowiańskim, małżeństwa księży, ale uznawał zwierzchnictwo papieża. W 1620 r. zwierzchnictwo papieża uznał również kościół ormiański w Polsce.
Oprac. TK